Seksualitet er et område hvor religion fratar mennesker valg og ansvar. Flere av de store verdensreligionene hevderer at prevensjonsmidler og abort er synd. Dette er med på å frata kvinner retten til å bestemme over egen kropp. Manglende tilgang til prevensjon betyr flere fødsler, dårligere helse og mindre sjanse for at både mor og barn skal overleve. I sterkt religiøse samfunn kan seksualundervisning i skolen også være mangelfull eller fraværende. Dette øker sjansen for tenåringsgraviditeter. Jenter som blir gravide før fylte femten har fem ganger så stor sjanse for å dø i løpet av svangerskap og fødsel som eldre jenter. Flere steder ser man tydelig at politiske lederes religiøse overbevisning har direkte innvirkning på bistandstandsprogrammer på området familieplanlegging og seksualitet. Tidlig på 2000-tallet gjeninnførte man en klausul i den amerikanske bistandspolitikken som sa at amerikansk bistand ikke kan gå til organisasjoner som informerer om abort. Dette førte til at flere AIDS-program ble endret eller avbrutt fordi organisasjonene som drev dem mistet støtte. Flere AIDS-prosjekter i Uganda som mottok støtte via USAID konsentrerte seg på 2000-tallet om seksuell avholdenhet i stedet for å promotere ansvarlig seksuell adferd og bruk av kondom. Instruktører i programmene ble oppfordret til å la være å informere om kondomer «for ikke å forvirre ungdommen». (Kilde: Human Rights Watch: «The Less They Know, the Better»). Denne policyen har heldigvis blitt endret, men i følge Human Rights Watch var konsekvensen av denne omleggingen at man fjernet fornuftige tiltak og erstattet dem med ikke-beviste og potensielt livstruende budskap som ville hindre realiseringen av menneskerettigheter, inkludert retten til informasjon, retten til helse og retten til liv.  

HAMU støtter blant annet kvinners kamp for selvbestemt abort i Brasil og har også gjennom prosjekter i Den Dominikanske Republikk gitt haitiske kvinner tilgang til prevensjon og hjulpet dem til å få føde på sykehus.

Retten til reproduktiv selvbestemmelse inngår i kvinner og jenters internasjonale menneskerettigheter. Å kunne ta veloverveide valg basert på god og riktig informasjon, å kunne beskytte seg mot uønskede graviditeter og seksuelt overførbare sykdommer påvirker også tilgangen til andre grunnleggende rettigheter, som retten til utdanning og arbeid. I Uganda blir gravide tenåringer oppfordret til å slutte på skolen fordi de er dårlige forbilder for de andre jentene. I samfunn hvor HIV og AIDS er utbredt er kunnskap om kropp og seksualitet svært viktig. Når bistand ytes av religiøse organisasjoner og seksualitet knyttes til ekteskapet risikerer man at religiøse normer påvirker kvaliteten på den bistanden som ytes, og religiøse normer kan i verste fall komme i konflikt med menneskerettighetene til målgruppa.

HAMU har et generelt fokus på kvinner og likestilling i sine prosjekter. Dette er fordi kvinner ofte blir rammet hardere av religiøs og tradisjonell undertrykking enn menn. De fleste verdensreligioner har regler for hvordan kvinner kan gå kledd, hvordan de skal oppføre seg, hvem de kan gifte seg med og i tradisjonelle samfunn kan religiøse normer føre til store innskrenkninger i kvinners frihet. De mest ekstreme eksemplene på dette finner man nok i Afghanistan under Talibans styre, i Iran og i kristne fundamentalistiske sekter som Warren Jeffs mormonersekt i USA. Eksempler på tradisjonell undertrykking er omskjæring av jentebarn, barneekteskap, og utestengelse fra utdanning, med argumentet om at jenter trenger ikke å lære å lese, for de skal uansett ikke jobbe. HAMU har flere prosjekter som retter seg mot religiøs og tradisjonell undertrykking av kvinner, som joginerprosjektene i India, arbeid mot hekseforfølgelser i Nepal, skole for stammejenter i India og tilgang til selvbestemt abort i Brasil.