Forbundets administrasjon består av hovedkontoret og ansatte ved fylkeskontorene i fylkene.
Hovedkontor forestår den daglige driften av forbundets virksomhet, og sørger for informasjon om de saker forbundet arbeider med til enhver tid. Et viktig arbeidsfelt er arbeid rettet mot myndighetene om politiske og rettslige spørsmål, bl.a. med sikte på tilrettelegging av offentlige tjenester på en måte som passer for humanister og ikke-religiøse.
Hovedkontoret befinner seg i St. Olavsgate 27 i Oslo og deler kontorlokaler med Akershus fylkeslag og Oslo fylkeslag.